Los implantes auditivos de tronco cerebral  estimulan directamente el núcleo coclear en el tronco cerebral y se desarrollaron para pacientes con neurofibromatosis tipo II con tumores en ambos nervios auditivos, cuyo crecimiento y/o extirpación quirúrgica produce una interrupción de ambos nervios y en consecuencia una sordera bilateral. Actualmente es también una opción terapéutica en paciente con alteraciones  severas de la cóclea (p.e., alteraciones en su desarrollo) o del nervio auditivo (p.e., ausencia  del nervio auditivo) que no pueden tratarse con audífonos ni con un implante coclear.

El implante de tronco cerebral funciona de forma similar al implante coclear pero estimulando directamente la vía auditiva a nivel del núcleo coclear en el tronco cerebral (evitando el oído interno y el nervio auditivo), donde se implantan los electrodos mediante una intervención quirúrgica. En pacientes con neurofibromatosis II el implante se realiza en el mismo acto quirúrgico tras extirpar los tumores del nervio auditivo.

El implante de tronco cerebral no proporciona los mismos resultados que el implante coclear siendo algo más limitados. No obstante en la mayoría de los casos los pacientes mejoran su capacidad de comunicación al detectar y reconocer muchos sonidos ambientales con el apoyo de la lectura labial.